Visualiza Mexstrain en Microreact
Para visualizar Mexstrain con Microreact sigue esta liga

Visualiza Mexstrain en Nextstrain 

Para visualizar Mexstrain con Nextstrain descargar el archivo .json de Mexstrain aquí. A continuación, descomprime el archivo y arrástralo al portal: https://auspice.us.

Epidemiología genómica del SARS-CoV-2
Gracias al trabajo de diversos grupos de investigación a nivel internacional, la comunidad científica cuenta con varios millones de secuencias genómicas del SARS-CoV-2. Estas secuencias genómicas se encuentran depositadas en la base de datos GISAID (https://www.gisaid.org). A partir de ellas, es posible comenzar a inferir la evolución del SARS-CoV-2.

El objetivo de esta página es ofrecer a la comunidad científica del país, un sitio en donde sea posible visualizar la evolución del SARS-CoV-2 en México. Para ello, utiliza la tecnología de Nextstrain y Microreact.

La plataforma Nextstrain (https://nextstrain.org) ofrece una serie de funciones que facilitan la visualización y análisis de los genomas secuenciados del SARS-CoV-2. Entre otras cosas, la plataforma Nextstrain permite la visualización de: i) la evolución del coronavirus mediante el uso de filogenias calibradas en el tiempo; ii) mapas geográficos de transmisión del coronavirus; y iii) posiciones variables a lo largo del genoma. La visualización puede mostrar la evolución del coronavirus a nivel mundial o acotarse a una región determinada (por ejemplo, a un país). Por otro lado, la plataforma Microreact (https://microreact.org/showcase) permite visualizar la diversidad genética de la totalidad de genomas secuenciados del SARS-Cov-2 en México o una muestra de ellos.

¿Cómo construimos Mexstrain?
Uno de los retos más importantes para realizar un análisis filodinámico del SARS-CoV-2 es seleccionar las secuencias genómicas a analizar de entre las miles que se encuentran depositadas en GISAID. La solución que hemos encontrado en Mexstrain es utilizar las secuencias que se encuentran en la última versión de Nextstrain (https://nextstrain.org/ncov/global) y complementarla con los genomas muestreados en México. Para ello, utilizamos una serie de scripts en Perl que se encuentran disponibles en el portal de GitHub (https://github.com/luisdelaye/CurSa).

Para saber más
Puedes ver un video en donde describimos la plataforma aquí  y leer un artículo aquí

Contacto
Dr. Luis José Delaye Arredondo
(luis.delaye@cinvestav.mx)
Última actualización: 2 de febrero de 2023