Bioinformática y Redes Complejas

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Líneas de Investigación

El laboratorio dirigido por la Dra. Maribel Hernández-Rosales se dedica a investigar la evolución de las familias de genes y aborda una amplia gama de disciplinas críticas en biología y en bioinformática. Uno de los principales enfoques de investigación se centra en comprender cómo evolucionan las familias de genes a lo largo del tiempo, lo que incluye el estudio de eventos de duplicación génica y transferencia horizontal de genes en organismos como bacterias y virus. Estos procesos son fundamentales para la adaptación de los microorganismos a su entorno y su capacidad para desarrollar resistencia a factores estresantes, como antibióticos o cambios ambientales. La Dra. Hernández-Rosales ha realizado contribuciones significativas en campos como la genómica comparativa, la ecología, la regulación génica y la dinámica de redes complejas. Además de su compromiso con la investigación básica, el laboratorio de la Dra. Hernández-Rosales también se involucra en proyectos con un impacto directo en cuestiones globales. Esto incluye investigaciones sobre la evolución de la resistencia a los antibióticos, un problema crítico en la atención médica actual, así como proyectos relacionados con la producción sostenible de biogás, que abordan desafíos energéticos y ambientales. El laboratorio de la Dra. Hernández-Rosales se distingue por su enfoque interdisciplinario y su compromiso con la comprensión de la evolución genética en una variedad de contextos biológicos. Sus investigaciones no solo avanzan en el conocimiento fundamental de la biología evolutiva, sino que también tienen el potencial de abordar problemas apremiantes a nivel global.

El laboratorio dirigido por la Dra. Maribel Hernández-Rosales se centra en diversas líneas de investigación interconectadas:

Bioinformática y Redes Biológicas: Esta línea es la columna vertebral del laboratorio y se centra en el desarrollo de herramientas bioinformáticas avanzadas para analizar datos genómicos y proteómicos. Dentro de los principales enfoques está también la construcción y análisis de redes biológicas que revelan interacciones entre biomoléculas. Estas redes proporcionan información clave sobre cómo funcionan los sistemas biológicos a nivel molecular.
Evolución de Redes Genéticas y Ecológicas: En esta área se investiga cómo las redes genéticas y ecológicas evolucionan con el tiempo. Se exploran los procesos de duplicación génica y transferencia horizontal de genes, y se analiza su impacto en la estructura y el funcionamiento de las redes biológicas.
Regulación Génica en Redes Complejas: Se estudia cómo se regula la expresión génica en el contexto de redes complejas. Esto incluye investigaciones sobre cómo los genes responden a señales ambientales y cómo su regulación contribuye a la adaptación de organismos a diferentes condiciones. Comprender esta compleja red de interacciones es esencial para desentrañar los mecanismos de la vida.
Evolución de Genomas de Virus y Bacterias: El laboratorio aplica su experiencia en bioinformática para abordar cuestiones de relevancia para la salud pública. Esto incluye la investigación de la resistencia a los antibióticos y la epidemiología molecular de patógenos. Además, se realiza un enfoque en metagenómica para explorar comunidades microbianas en diversos entornos.

Estas líneas de investigación se complementan entre sí y se nutren de la interdisciplinariedad, permitiendo al laboratorio abordar preguntas científicas complejas en campos que van desde la biología molecular hasta la ecología y la epidemiología. El uso de enfoques computacionales y técnicas de análisis de datos avanzadas es una característica distintiva de este laboratorio, lo que lo posiciona en la vanguardia de la investigación bioinformática.

MH23

Maribel Hernández Rosales
Investigadora Principal

MHGCesarDiaz23

Cesar Alfonso Diaz Mijangos
Profesor Invitado

MHKatiaAvina23

Katia Aviña Padilla
Investigadora Posdoctoral

MHErikaCruz23

Erika Viridiana Cruz Bonilla
Investigadora Asociada

MHDianaBarcelo23

Diana Barcelo Antemate
Investigadora Asociada

MujerGris

Selvia Fierro
Investigadora Asociada

MujerGris

Paola Licea
Investigadora Asociada

MHMelanieSarfert23

Melanie Sarfer
Visiting Scientist

MHJoseRamirez23

José Antonio Ramírez Rafael
Estudiante de Doctorado

MHMarisolNavarro23

Marisol Navarro Miranda
Estudiante de Maestría
(Codirección con la Dra. Gabriela Olmedo)

MHLuisHdez23

Luis Felipe Hernandez
Estudiante de Maestría
(Codirección con el Dr. Alfredo Varela-Echavarria INB-UNAM)

MHAndreaZarate23

Andrea Sofia Zarate Arredondo
Estudiante de Licenciatura

PersonaGris

Mauricio Vueltiflor Gil
Estudiante de Licenciatura

  • Castelán-Sánchez, H. G., Delaye, L., Inward, R. P. D., Dellicour, S., Gutierrez, B., Martínez de la Vina, N., … & Escalera Zamudio, M. (2023). Comparing the evolutionary dynamics of predominant SARS-CoV-2 virus lineages co-circulating in Mexico. eLife, 12, e82069. DOI:http://dx.doi.org/ 10.7554/eLife.82069
  • Fontanelli, O., Guzmán, P., Meneses-Viveros, A., … & Hernández-Rosales, M. (2023). Intermunicipal travel networks of Mexico during the COVID-19 pandemic. Scientific Reports, 13, 8566. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-35542-5 
  • Aviña-Padilla, K., Zambada-Moreno, O., Herrera-Oropeza, G. E., Jimenez-Limas, M. A., Abrahamian, P., Hammond, R. W., & Hernández-Rosales, M. (2022). Insights into the Transcriptional Reprogramming in Tomato Response to PSTVd Variants Using Network Approaches. International Journal of Molecular Sciences, 23(11), 5983. DOI: http://dx.doi.org/10.3390/ijms23115983
  • Aviña-Padilla, K., … & Hernández-Rosales, M. (2022). Deciphering the Tissue-Specific Regulatory Role of Intronless Genes Across Cancers. In Comparative Genomics. RECOMB-CG 2022. Springer.
  • Herrera-Oropeza, G. E., Angulo-Rojo, C., Gástelum-López, S. A., Varela-Echavarría, A., … & 5.Aviña-Padilla, K. (2021). Glioblastoma multiforme: a multi-omics analysis of driver genes and tumour heterogeneity. Interface Focus, 11(4), 20200072. DOI: doi: 10.1098/rsfs.2020.0072.
  • López-Lozano, N. E., Echeverría Molinar, A., Ortiz Durán, E. A., … & Souza, V. (2020). Bacterial Diversity and Interaction Networks of Agave lechuguilla Rhizosphere Differ Significantly From Bulk Soil in the Oligotrophic Basin of Cuatro Cienegas. Frontiers in Plant Science, 11, 1028. DOI: https://doi.org/10.3389/fpls.2020.01028.
  • Stadler, P. F., Geiß, M., Schaller, D., … & Hernández Rosales, M. (2020). From pairs of most similar sequences to phylogenetic best matches. Algorithms for Molecular Biology, 15, 5. DOI:10.1186/s13015-020-00165-2.
  • Geiß, M., Laffitte, M. E. G., Sánchez, A. L., … & Stadler, P. F. (2020). Best match graphs and reconciliation of gene trees with species trees. Journal of Mathematical Biology, 80(5), 1459-1495. DOI:10.1007/s00285-020-01469-y.

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