INVESTIGACIONES ACTUALES
Líneas de Investigación
Nuestro interés general es entender cómo se regula la expresión de genes en tiempo y espacio durante el desarrollo de organismos multicelulares. Esta regulación depende de la interacción entre secuencias de DNA no codificantes -enhancers- y promotores de genes blanco. A pesar de que los primeros enhancers fueron identificados hace más de tres décadas, la anotación de estas secuencias en el genoma de organismos en desarrollo sigue siendo limitada. Además, aún cuando el contacto entre estas regiones reguladoras y los promotores es esencial para la expresión génica, poco se sabe sobre cómo se dan estas interacciones cromosómicas dentro del espacio nuclear.
El objetivo principal de nuestro laboratorio es identificar enhancers y sus interacciones con promotores para entender cómo se regula la expresión génica en el contexto tridimensional del núcleo durante el desarrollo de animales y plantas. Nos interesa entender los principios que rigen el establecimiento de las interacciones cromosómicas, la contribución de esta organización topológica en la regulación de la transcripción y el impacto que puede tener la alteración de la topología en el origen de enfermedades. Para ello hacemos uso de innovadoras técnicas genómicas y epigenéticas, principalmente en la mosca Drosophila, un modelo ideal para el estudio de programas transcripcionales durante el desarrollo y la enfermedad.
Laboratorio
Regulación y Topología del Genoma
Kasia Oktaba
Investigadora Principal
Joanna Serwatowska
Auxiliar de Investigación
José Eduardo Aguilar Bautista
Estudiante de Doctorado
Diana García Adrian
Estudiante de Maestría
Lizbeth Yucupicio Lugo
Estudiante de Maestría
Alejandro Díaz de la Vega González
Estudiante de Maestría
(Codirección con el Dr. Luis Delaye)
Adrián Díaz Chávez
Estudiante de Maestría
- Ramírez-Colmenero A, Oktaba K, Fernandez-Valverde SL. (2020) Evolution of Genome-Organizing Long Non-coding RNAs in Metazoans. Frontiers in Genetics, 11(589697).
DOI: https://doi.org/10.3389/fgene.2020.589697 - Oktaba K*, Zhang W*, Lotz TS, Jun DJ, Lemke SB, Ng SP, Esposito E, Levine M, Hilgers V. (2015) ELAV links paused Poll II to alternative polyadenylation in the Drosophila nervous system. Molecular Cell, 57(2): 341-348. DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.11.024
- Gutiérrez L*, Oktaba K*, Scheuermann JC, Gambetta MC, Ly-Hartig N, Müller, J. (2012) The role of the histone H2A ubiquitinase Sce in Polycomb repression. Development, 139(1): 117-127. DOI: https://doi.org/10.1242/dev.074450
- Richter C, Oktaba K, Steinmann J, Müller, J, Knoblich JA. (2011) The tumour suppressor L(3)mbt inhibits neuroepithelial proliferation and acts on insulator elements. Nature Cell Biology, 13(9): 1029-1039 DOI: https://doi.org/10.1038/ncb2306
- Scheuermann JC*, de Ayala Alonso AG*, Oktaba K, Ly-Hartig N, McGinty RK, Fraterman S, Wilm M, Muir TW, Müller, J. (2010) Histone H2A deubiquitinase activity of the Polycomb repressive complex PR-DUB. Nature, 465(7295): 243-247. Recomendado por Faculty of 1000. DOI: https://doi.org/10.1038/nature08966
- Gambetta MC, Oktaba K, Müller J. (2009) Essential role of the glycosyltransferase sxc/Ogt in Polycomb repression. Science, 325(5936): 93-96. Recomendado por Faculty of 1000.
DOI: https://doi.org/10.1126/science.1169727
Buscamos estudiantes entusiastas que quieran unirse al grupo de investigación.
Laboratorio de Regulación y Topología del Genoma
Departamento de Ingeniería Genética
Cinvestav-Irapuato, Guanajuato.