Regulación y Topología del Genoma

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Nuestro interés general es entender cómo se regula la expresión de genes en tiempo y espacio durante el desarrollo de organismos multicelulares. Esta regulación depende de la interacción entre secuencias de DNA no codificantes -enhancers- y promotores de genes blanco. A pesar de que los primeros enhancers fueron identificados hace más de tres décadas, la anotación de estas secuencias en el genoma de organismos en desarrollo sigue siendo limitada. Además, aún cuando el contacto entre estas regiones reguladoras y los promotores es esencial para la expresión génica, poco se sabe sobre cómo se dan estas interacciones cromosómicas dentro del espacio nuclear.

El objetivo principal de nuestro laboratorio es identificar enhancers y sus interacciones con promotores para entender cómo se regula la expresión génica en el contexto tridimensional del núcleo durante el desarrollo de animales y plantas. Nos interesa entender los principios que rigen el establecimiento de las interacciones cromosómicas, la contribución de esta organización topológica en la regulación de la transcripción y el impacto que puede tener la alteración de la topología en el origen de enfermedades. Para ello hacemos uso de innovadoras técnicas genómicas y epigenéticas, principalmente en la mosca Drosophila, un modelo ideal para el estudio de programas transcripcionales durante el desarrollo y la enfermedad.

ko-03

Laboratorio
Regulación y Topología del Genoma

KasiaOktaba3

Kasia Oktaba
Investigadora Principal

73

Joanna Serwatowska
Auxiliar de Investigación

103

José Eduardo Aguilar Bautista
Estudiante de Doctorado

74

Diana García Adrian
Estudiante de Maestría

84

Lizbeth Yucupicio Lugo
Estudiante de Maestría

PersonaGris

Adrián Díaz Chávez
Estudiante de Maestría

  • América Ramírez Colmenero, Katarzyna Oktaba Sosin and Selene L. Fernández Valverde. Evolution of Genome-Organizing Long Non-coding RNAs in Metazoans. Frontiers in Genetics 11(589697): 1-12: 2020. Doi: 10.3389/fgene.2020.589697
  • López-Fuentes E, Hernández-Hernández G, Castanedo L, Gutiérrez-Escobedo G, Oktaba K, De Las Peñas A, Castaño I. (2018) Chromatin loop formation induced by a subtelomeric protosilencer represses EPA genes in Candida glabrata. Genetics, 210(1): 113-128. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30002080
  • Oktaba K*, Zhang W*, Lotz TS, Jun DJ, Lemke SB, Ng SP, Esposito E, Levine M, Hilgers V. (2015) ELAV links paused Poll II to alternative polyadenylation in the Drosophila nervous system. Molecular Cell, 57(2): 341-348. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25544561
  • Gutiérrez L*, Oktaba K*, Scheuermann JC, Gambetta MC, Ly-Hartig N, Müller, J. (2012) The role of the histone H2A ubiquitinase Sce in Polycomb repression. Development, 139(1): 117-127. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22096074
  • Richter C, Oktaba K, Steinmann J, Müller, J, Knoblich JA. (2011) The tumour suppressor L(3)mbt inhibits neuroepithelial proliferation and acts on insulator elements. Nature Cell Biology, 13(9): 1029-1039. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21857667

Buscamos estudiantes entusiastas que quieran unirse al grupo de investigación.