INVESTIGACIONES ACTUALES
Líneas de Investigación
En el Grupo de Genómica evolutiva estudiamos diversos aspectos de la evolución molecular.
Origen de genes nuevos. La gran mayoría de los genes se originan mediante la duplicación, recombinación y divergencia a partir de genes ancestrales. Sin embargo, un grupo relativamente reducido de genes se originan de novo a partir de DNA no codificante. En el grupo de Genómica Evolutiva estamos interesados en estudiar genes que se hayan originado a partir de DNA no codificante y entender cuán común es este proceso.
Origen y evolución del palíndromo altamente repetido HIP1. Las cianobacterias poseen un palíndromo octamérico GCGATCGC denominado HIP1 (por sus siglas en inglés: highly iterated palindrome 1). A la fecha, no se entiende cómo se origina ni si cumple una función o no. En el grupo de Genómica Evolutiva estamos interesados en entender su origen y si posee alguna función biológica
Genómica evolutiva. Colaboramos con diversos grupos de investigación para entender la evolución a nivel genómico de diversos organismos. Recientemente estamos estudiando la epidemiología genómica del SARS-CoV-2, el uso de codones en bacterias y arqueas, la diversidad genómica de la vid y las levaduras de fermentación espontánea en México y la asociación entre la estructura del genoma y la evolución de los genes en la mosca de la fruta.
Luis Delaye
Investigador Principal
Luis Fernando García Ortega
Profesor Visitante
José Norberto García Miranda
Estudiante de Doctorado
(Codirección con la Dra. Gabriela Olmedo)
Edder Daniel Bustos Díaz
Estudiante de Doctorado
Eduardo Padilla Mendoza
Estudiante de Maestría
Diana Margarita Mojica Muñoz
Estudiante de Maestría
Alejandro Díaz de la Vega González
Estudiante de Maestría
(Codirección con la Dra. Kasia Oktaba)
Karla Isabel García Jiménez
Estudiante de Maestría
(Codirección con la Dra. Nayelli Marsch Martínez)
Bryan Eduardo Martínez Pastor
Estudiante de Maestría
- Twisting development, the birth of a potential new gene. Marsch-Martínez N, Reyes-Olalde JI, Chalfun-Junior A, Bemer M, Durán-Medina Y, Ochoa-Sánchez JC, Guerrero-Largo H, Herrera-Ubaldo H, Mes J, Chacón A, Escobar-Guzmán R, Pereira A, Herrera-Estrella L, Angenent GC, Delaye L, de Folter S. iScience. 2022 Nov 19;25(12):105627. doi: 10.1016/j.isci.2022.105627. eCollection 2022 Dec 22. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004222018995?via%3Dihub
- Translation Comes First: Ancient and Convergent Selection of Codon Usage Bias Across Prokaryotic Genomes. González-Serrano F, Abreu-Goodger C, Delaye L. J Mol Evol. 2022 Dec;90(6):438-451. doi: 10.1007/s00239-022-10074-0. Epub 2022 Sep 26. https://link.springer.com/article/10.1007/s00239-022-10074-0
- Chromosome-Level Genome Assembly of the American Cranberry (Vaccinium macrocarpon Ait.) and Its Wild Relative Vaccinium microcarpum. Diaz-Garcia L, Garcia-Ortega LF, González-Rodríguez M, Delaye L, Iorizzo M, Zalapa J. Front Plant Sci. 2021 Feb 10;12:633310. doi: 10.3389/fpls.2021.633310. eCollection 2021. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.633310/full
- Driven progressive evolution of genome sequence complexity in Cyanobacteria. Moya A, Oliver JL, Verdú M, Delaye L, Arnau V, Bernaola-Galván P, de la Fuente R, Díaz W, Gómez-Martín C, González FM, Latorre A, Lebrón R, Román-Roldán R. Sci Rep. 2020 Nov 4;10(1):19073. doi: 10.1038/s41598-020-76014-4. https://www.nature.com/articles/s41598-020-76014-4
- Inferring Horizontal Gene Transfer with DarkHorse, Phylomizer, and ETE Toolkits. Delaye L, Vargas C, Latorre A, Moya A. Methods Mol Biol. 2020;2075:355-369. doi: 10.1007/978-1-4939-9877-7_25. https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-4939-9877-7_25
- Evidence of the Red-Queen Hypothesis from Accelerated Rates of Evolution of Genes Involved in Biotic Interactions in Pneumocystis. Delaye L, Ruiz-Ruiz S, Calderon E, Tarazona S, Conesa A, Moya A. Genome Biol Evol. 2018 Jun 1;10(6):1596-1606. doi: 10.1093/gbe/evy116. https://academic.oup.com/gbe/article/10/6/1596/5035685?login=true
- Testing the Domino Theory of Gene Loss in Buchnera aphidicola: The Relevance of Epistatic Interactions. Martínez-Cano DJ, Bor G, Moya A, Delaye L. Life (Basel). 2018 May 29;8(2):17. doi: 10.3390/life8020017. https://www.mdpi.com/2075-1729/8/2/17
- Natural selection drove metabolic specialization of the chromatophore in Paulinella chromatophora. Valadez-Cano C, Olivares-Hernández R, Resendis-Antonio O, DeLuna A, Delaye L. BMC Evol Biol. 2017 Apr 14;17(1):99. doi: 10.1186/s12862-017-0947-6. https://bmcecolevol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-0947-6
Laboratorio de Genómica Evolutiva
Departamento de Ingeniería Genética
Cinvestav-Irapuato, Guanajuato.